Родился Петр Ханыков в 1743 году. Шестнадцатилетним он поступил кадетом в Морской корпус, в 1760 году стал гардемарином, в 1760-1762 годах ежегодно находился в кампаниях на Балтике, участвовал в Кольбергской экспедиции, при взятии Кольберга в 1761 году был отмечен похвалой "за ратное рвение и отвагу". 6 мая 1762 года молодого моряка произвели в мичманы, 31 октября послали волонтером в Англию для морской практики. В 1763-1764 годах из Англии на военных судах он ходил в Северную Америку и Испанию, 7 сентября 1765 года вернулся в Россию, 29 апреля 1766 года был произведен в поручики "за бытность в разных частях света" и на адмиралтейском фрегате "Александр" плавал между Санкт-Петербургом и Кронштадтом.

В 1767-1769 годах Ханыков ежегодно находился в кампании на Балтике, офицером корабля "Трех Святителей" перешел на Средиземное море, в 1770 году крейсировал у берегов Мореи, на корабле "Святослав" участвовал в Чесменском сражении и блокаде Дарданелл, потом на корабле "Ростислав" в 1770-1773 годах плавал в Архипелаге, на корабле "Победа" крейсировал до Дарданелл и участвовал в десанте под крепостью Чесма. 6 октября 1773 года Ханыков прибыл из Ливорно в Санкт-Петербург, на корабле "Исидор'' снова отправился на Средиземное море с эскадрой С. К. Грейга и в 1774 году плавал между Ливорно и Архипелагом. В 1775 году, командуя фрегатом "Унгария", он вышел из Ливорно для следования в Россию, но за поздним временем зимовал в Портсмуте и в 1776 году вернулся в Кронштадт. 26 апреля моряка произвели в капитан-лейтенанты. Он командовал тем же фрегатом у Красной Горки в эскадре Грейга.

В 1777 году Ханыков находился на яхте и на шлюпке при императрице. 7 января 1778 года моряка произвели в капитаны 2-го ранга. Он командовал кораблем "Твердый" при переходе из Архангельска в Кронштадт с гардемаринами. 22 сентября 1779 года, командуя фрегатом "Наталия", Ханыков потерпел крушение в Немецком море, у острова Шкеленга. Командуя кораблем "Иезекииль", в 1780 году на эскадре Палибина моряк ходил из Кронштадта к берегам Португалии, вернулся в 1881 году и 1 января 1781 года был произведен в капитаны 1-го ранга. В 1782 году Ханыков плавал из Ревеля в Кронштадт и обратно для пробы фрегатов "Св. Марк" и "Проворный".

6 апреля 1783 года капитана 1-го ранга назначили командующим Каспийской флотилией, которая готовилась к войне с Персией. Два года моряк оставался на Каспии. 21 апреля 1785 года его произвели в капитаны бригадирского ранга, вернули на Балтику, в 1786 году назначили командиром только что построенного 100-пушечного корабля "Саратов"; на этом мощном корабле он проплавал до 1789 года. 22 сентября 1787 года моряка произвели в капитаны генерал-майорского ранга, 14 апреля 1789 года - в контр-адмиралы.

Осенью 1788 года, когда встал вопрос о том, кому командовать Копенгагенской эскадрой, адмирал С. К. Грейг предложил произвести в контр-адмиралы и назначить в Копенгаген Ханыкова. Однако императрица предпочла более известного Т. Г. Козлянинова. Ханыкову возможность отличиться представилась только через год. 2 мая 1790 года, имея брейд-вымпел на корабле "Св. Елена", Ханыков участвовал в Ревельском сражении и был удостоен ордена Св. Владимира II степени; 22 июня, командуя северным отрядом из 3 фрегатов, моряк участвовал в Выборгском сражении, за которое 6 июля получил в награду орден Св. Георгия 3 класса и золотую шпагу с надписью "за храбрость".

С русской стороны первый удар шведского корабельного флота принял контр-адмирал И. А. Повалишин, который свои корабли расположил так, что неприятелю пришлось идти как по огненному коридору. Затем шведы столкнулись с фрегатами контр-адмирала Ханыкова между островом Пейсар и банкой Пассалода. Ближе к банке стоял фрегат "Архангел Гавриил", далее "Брячислав" и гребной фрегат "Св. Елена". Они открыли такой огонь, что заставили неприятеля изменить курс, причем часть шведских кораблей попала на банку Пассалода. Бой недешево стоил и русским, которые не могли участвовать в преследовании уходящего противника. На ходу остался лишь гребной фрегат "Св. Елена", который взял большую галеру "Палмшерна". Когда шведский флот удалялся, стоявшие на мели корабли спустили флаги и сдались. Российским морякам пришлось приложить немало сил, чтобы отремонтировать свои, спасти трофейные корабли и обеспечить самым необходимым тысячи пленных шведов.

В 1791 году Ханыков командовал эскадрой из 5 кораблей и 5 фрегатов. Произведенный 2 сентября 1793 года в вице-адмиралы, он плавал с Флотом под началом адмирала В. Я. Чичагова от Кронштадта до Киеге-бухты. 5 декабря его назначили командовать гребным флотом без исключения из корабельного.

В 1795 году, командуя эскадрой из 12 кораблей и 8 фрегатов, вице-адмирал плавал у берегов Англии, в 1796 году с эскадрой возвратился, в 1797 году командовал эскадрой во флоте под флагом Павла I и был награжден орденом Св. Анны I степени. В 1797 году Павел I назначил Ханыкова командующим императорской эскадрой из лучших кораблей и команд Балтийского флота. 10 февраля 1798 года Адмиралтейств-коллегия назначила вице-адмирала вместе с контр-адмиралом Вальянтом и другими моряками в комиссию для рассмотрения штатного положения о запасных вещах в кампанию.

Ханыкова император 30 января 1799 года приказал числить вице-адмиралом белого флага в эскадре адмирала Круза. Когда адмирал скончался, 9 мая 1799 года Павел I произвел Ханыкова в адмиралы белого флага. Моряк командовал флотом, крейсировавшим по Балтике.

В эту кампанию эскадра кораблей с русскими войсками направлялась для высадки войск в Голландии. Ханыкову предстояло прикрыть их переход по Балтийскому морю. 1 июля ему был послан указ идти в крейсерство у прусских берегов. 5 июля эскадра выступила, до 12 июля ходила у берегов Померании, 14 июля зашла в Данцигский залив, у Готланда встретила идущую в Англию эскадру П. В. Чичагова, 27 июля выдержала жестокий шторм у Дагерорда. Тем временем 21 июля высочайший указ предписал адмиралу после прохода кораблей "секретной экспедиции" за Зунд крейсировать между Фальстербоу и Гданьским рейдом до получения указа о возвращении. 29 июля император предписал вернуть корабли в Ревель и Кронштадт. 4 августа эскадра Ханыкова возвратилась в Ревель. 16 августа последовал приказ разоружить эскадры. Но уже на следующий день Г. Г. Кушелев писал президенту Адмиралтейств-коллегии И. Л. Голенищеву-Кутузову, чтобы с разоружением кораблей Ханыкова повременили, ибо из Кадикса вышел франко-испанский флот, который мог направляться и на Балтику. Лишь 29 августа, когда положение прояснилось, эскадру Ханыкова решили разоружить.

11 февраля 1800 года Кушелев направил в Адмиралтейств-коллегию записку о снаряжении в кампанию 12 кораблей из Ревеля и Кронштадта под командованием Ханыкова. 19 июня эскадра из 8 кораблей и 4 фрегатов снялась с Кронштадтского рейда, чтобы идти к Красной Горке. Туда же пришла ревельская эскадра контр-адмирала Кроуна. 3 июля император прибыл на эскадру. Он был доволен увиденным и пожаловал адмирала командорским орденом Св. Иоанна Иерусалимского с бриллиантами. В тот же день последовал указ о немедленном разоружении в портах эскадры Ханыкова. Адмирал отправил Кроуна в Ревель и сам вернулся в Кронштадт.

13 августа Адмиралтейств-коллегия слушала высочайший указ от 10 августа о снаряжении 25 кораблей под командованием адмирала Ханыкова. События были связаны с ухудшением англо-русских отношений: узнав о задержании англичанами нескольких коммерческих судов, конвоируемых датским фрегатом, Павел I воспринял этот случай как оскорбление союзного датского флага, приказал наложить эмбарго на британские суда запрет на все английские конторы и капиталы в России; английского консула Стефена Шарпа выслали из страны. Император повелел арестовать торговые суда Великобритании в русских портах. 26 августа Ханыков докладывал, что в гавани Кронштадта находится 33 и на рейде 4 английских судна, и просил разрешения свезти с арестованных судов 426 моряков на берег. Катера "Диспач" и "Нептун" он выслал в крейсерство.

1 сентября командир катера "Диспач" донес Ханыкову, что встретил западнее Гогланда английский люгер "Резолюшн", на котором с письмами к императору России прибыл консул Шарп, и проводил его до порта. К этому времени английская эскадра уже была в датских проливах.

Удовлетворение Англией требований Дании привело к отмене мер против британской торговли. 11 сентября коллегия слушала высочайшее повеление разоружить флот и направить указы командующим, в том числе и командующему гребным флотом адмиралу Ханыкову. Однако когда англичане взяли Мальту 23 августа 1800 года и не поторопились ответить на требование высадить на острове русский корпус, 22 ноября были вновь арестованы товары и суда британских подданных в России. В ноябре последовал указ Ханыкову принять с арестованных судов товары, необходимые для адмиралтейства, и разгрузить их силами моряков. 6 декабря записка, подготовленная Кушелевым, гласила:

"Адмиралу Ханыкову быть в Кронштадтском порте главным командиром, поручая при том ему возобновление прибрежных тамо батарей и проч. укреплений, и самую оборону Кронштадта, на том же основании, как то поручено было покойному адмиралу де-Рибасу".

Пока длилась зима, прусские войска готовились занять Ганновер, датские взяли Гамбург, Любек и конфисковали английские товары, а в России снаряжали оставшиеся корабли и корпус войск. Так как Дания и Швеция, вопреки настояниям Павла I, не закрыли проливы, в марте 1801 года английская эскадра (Плинейных кораблей, 30 фрегатов) под командованием Паркера и Нельсона подошла к Копенгагену и, держа под обстрелом город, заставила датчан подписать перемирие. Вступление британского флота на Балтику создало угрозу Швеции и России.

Гибель Павла I 12 марта 1801 года еще не полностью устранила опасность нападения английского флота. На подступах к Кронштадту продолжали оборонительные работы. В апреле 1801 года Ханыков доносил, что нет смысла ставить 4 больших корабля и 2 фрегата на мелководном северном фарватере у Котлина, и рекомендовал установить 2 корабля на южном фарватере между купеческой гаванью и Кроншлотом. Император согласился с его мнением. С конца апреля до начала мая суда кронштадтской эскадры занимали позиции на фарватерах и начали экзерзиции. 24 апреля провели с новых укреплений пробные стрельбы. В Кронштадт перешла ревельская эскадра. Но войны не было.

15 мая на рейд Кронштадта прибыл фрегат "Лагона" с британским послом С. Геленсом и консулом Шарпом. Вечером посол был в доме Ханыкова "собирался ехать в Санкт-Петербург. Начались переговоры. 17 июня прибыл английский катер "Курьер" с депешами для посла. От его команды стало известно, что британской эскадрой на Балтике командует уже не Нельсон вернувшийся больным в Англию, а вице-адмирал Поль. 20 июня английский фрегат ушел в море. Англо-русские переговоры благополучно завершились. Уже 17 июня император указал разоружить кронштадгские корабли стоявшие на фарватерах. Ревельская эскадра возвращалась в Ревель.

Адмирал занялся благоустройством Кронштадта. 8 августа 1801 года Адмиралтейств-коллегия рассмотрела его рапорт о необходимых исправлениях в городе и предложила представить сметы и планы работ 1801 года. 26 августа коллегия слушала 3 рапорта Ханыкова с представленными сметами, описаниями и планами.

1 августа 1802 года Адмиралтейств-коллегия слушала рапорт главного директора штурманского балтийских флотов училища адмирала Ханыкова. Судя по документам, в этой должности моряк оставался и позднее. К примеру, 18 сентября 1803 года коллегия слушала предложение П. В. Чичагова послать в Англию 12лучших учеников штурманского училища и постановила обратиться к директору училища Ханыкову, чтобы тот отправил отобранных к капитан-командору Грейгу.

15 декабря 1802 года коллегия рассмотрела два доклада артиллерийской экспедиции (о моделях пушечного замка и винта); адмирал Ханыков дал заключение о их полезности.

6 января 1803 года в театре, устроенном офицерами с разрешения адмирала, вспыхнул пожар: загорелась окрашенная кулиса, положенная на печь для просушки. Этот эпизод вызвал к жизни неожиданные последствия. 30 января товарищ министра морских сил П. В. Чичагов писал Ханыкову, что императору не угодно существование театрального занятия, неприличного для офицеров. Чичагов предложил организовать клуб. 4 февраля Ханыков уведомил его об открытии клуба в Кронштадте.

В списке флагманов от 29 июня 1804 года Ханыков указан адмиралом белого флага. 13 июля 1804 года Адмиралтейств-коллегия слушала его рапорт, что эскадра Кроуна и другие корабли отправлены в море. Сам моряк, занятый делами административными, в море не ходил. Ремонт и перемещение судов, строительные работы стали основными делами. В 1807 году его наградили орденом Св. Александра Невского. Но вскоре счастье изменило адмиралу.

В октябре 1807 года ввиду неприязненных действий английского флота, захватившего флот датский, Александр I объявил о разрыве отношений с Англией до удовлетворения ею требований Дании. Он потребовал от Швеции закрыть порты для английских судов, узнав же о союзном англо-шведском договоре, 16февраля 1808 года объявил войну Швеции. 14 мая 16 линейных кораблей и 20 других судов английского адмирала Сомерса вошли в Гетеборг. 2 корабля присоединились к шведскому флоту из 11 кораблей и 5 фрегатов. Шведский флот препятствовал русским перевозкам, тогда как главные силы англичан блокировали датские проливы и гавани Пруссии, Померании и Дании.

В связи с англо-русской войной 1807-1812 годов Ханыкову была поручена охрана столицы и Кронштадта с моря. Оказалось нелегко собрать необходимые силы. Лучшие корабли и экипажи были ранее отправлены с эскадрами А. С. Грейга и Д. Н. Сенявина на Средиземное море и оказались в руках англичан. Тем не менее Ханыков поторопился с подготовкой кораблей. В первой половине июля русская эскадра (9 кораблей, 9 фрегатов, несколько мелких судов) выступила в море. 25 июля она вышла к Гангуту, обеспечивая переход к Аландским островам гребных судов, 9-10 августа эскадра переместилась к проливу Юнгферзунд, в котором стояли корабли союзников. 13 августа шведско-английская эскадра вышла из пролива и вступила в бой с русскими. Ханыков направился к Балтийскому порту, чтобы укрыться от превосходящего неприятеля. Союзники преследовали. На рассвете 14 августа 2 английских корабля атаковали шедший концевым корабль "Всеволод" и нанесли ему сильные повреждения. Ханыков, видя корабль в трудном положении, повернул на помощь. Адмирал дважды поднимал сигнал трем концевым кораблям помочь атакованному, но безуспешно. Сам он с флагманским кораблем отбил "Всеволод", отогнав англичан.

Пострадавший "Всеволод" не мог держаться в строю, и его за эскадрой на буксире повел фрегат "Полукс". Однако в 6 милях от Балтийского порта буксир лопнул, и командиру корабля Д. В. Рудневу пришлось поставить "Всеволод" на якорь, не имея возможности обогнуть мыс острова Малый Роге. Для буксировки корабля в порт были высланы шлюпки с кораблей эскадры, уже вошедшей в порт. Однако вновь появились 2 английских корабля, которые разогнали шлюпки и атаковали корабль. Руднев поставил "Всеволод" на мель и вступил в решительный бой. "Centaur" пытался атаковать с носа, но сам сел на мель. Зашедший с кормы "Implacable" продольными выстрелами нанес большие повреждения, почти вся команда погибла. Англичане захватили корабль, но не смогли снять с мели и подожгли его, забрав ценности. Утром 15 августа "Всеволод" взорвался. Эскадра Ханыкова не смогла прийти на помощь из-за маловетрия.

Корабли противника, простояв месяц у Балтийского порта, ушли. 30 сентября и эскадра Ханыкова вернулась в Кронштадт. Адмирала и 3 командиров кораблей, не пришедших на помощь Рудневу утром Навгуста, предали суду. За неисполнение высочайшего предписания Ханыков был в 1809 году признан виновным "в неосмотрительной оплошности, слабости в командовании, медленности и нерешительности, вследствие которых дозволил английским кораблям соединиться со шведскими и, не имея основательных причин, удалился в Балтийский порт, причем потерял корабль "Всеволод", сожженный англичанами". Считали, что, несмотря на благоприятный ветер, Ханыков промедлил, пока шведы не подвели 10 кораблей и 6 фрегатов, к которым присоединились 2 английских корабля. Его приговорили к разжалованию в рядовые на месяц, но приговор не был утвержден. Ханыкова уволили в отставку "без почестей" в 1809 году. Скончался он в декабре 1813 года.